省环境监测中心站和省辐射环境监督站根据国家有关技术规定和我省实际，分别编制了《云南省第一次污染源普查国控、省控企业监测工作方案》（以下简称《国控、省控企业监测方案》）、《云南省第一次污染源普查重点放射性污染源监测工作方案》（以下简称《重点放射源监测方案》），省污染源普查办已印发各州（市）环保局。
《国控、省控企业监测工作方案》的实施，将对国控31家、省控47家企业的废气排放和国控68家、省控19家企业的废水排放进行监测，除省控的水、气重叠企业13家，实际监测企业152家，将收集约12万个数据。此项工作涉及除迪庆州外的15个州（市），共52个县（区、市），由省环境监测中心站和15个州（市）环境监测站和9个三级监测站分工完成。目前，部分监测站已经开始监测工作。
《重点放射源监测方案》的实施，监测对象为我省八大行业伴生放射性矿物资源开采、冶炼和加工过程中的污染源。根据我省实际监测需求和监测能力，监测的企业确定为23家，今年对各企业产生的放射性核素含量监测2次，将收集约1万个数据。此项工作由省环境辐射监督站与昆明、玉溪、保山、红河、文山、普洱、德宏、怒江、临沧等9个州（市）环保局一道组织实施。
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